在离子交换水处理系统的运行过程中，不同离子交换树脂常常会渐渐改变其性能。原因有二：一是树脂的本质改变了，即其化学结构受到破坏；二是受到外来杂质的污染。
　　由前一种情况所造成树脂性能的改变，是无法恢复的;由后一种情况所造成树脂性能的改变，则可以采取适当的措施，清理这些污物，从而使树脂性能复原或有所改进。
　　阳离子交换树脂在应用中变质的主要原因是由于水中有氧化剂，如游离氯、硝酸根等。当温度高时，树脂受氧化剂的侵蚀更为严重，若水中有重金属离子，因其能起催化作用，致使树脂加速变质。阳树脂氧化后发生的现象为：颜色变浅，树脂体积变大，因此易碎和体积交换容量减少，但质量交换容量变化不大。
　　强酸性H型树脂受侵害的程度强烈，如当进水中含有0.5mg/LCl2时，只要运行4～6个月，树脂就有显著的变质。而且由于树脂颗粒变小，使水通过树脂层的压力损失增加。磺酸基阳树脂的碳链氧化断裂产物，由树脂上脱落下来以后，变为可溶性物质。这些可溶性物质中还会有弱酸基，因此当这随水流入阴离子交换树脂时，先被阴树脂吸着，吸着不完全时，就留在阴离子交换树脂的出水中，使水质下降。